Origine de la collection
Dans la collection réunie par Jean-Marie de Silguy, la peinture d'inspiration bretonne est quasiment absente. L'une des rares exceptions est la superbe Vue de Quimper par Eugène Boudin. Au moment de l'ouverture du musée, quelques oeuvres dues à des artistes locaux, comme Olivier Perrin ou François Talec entrent dans la collection.

En 1880, Alfred Beau est nommé à la tête du musée. Il est l'ami des peintres concarnois Guillou et Deyrolle. En compagnie de Louis Hémon, directeur de journal et homme politique actif et influent, il va s'efforcer de constituer une collection d'inspiration bretonne. Avec passion Alfred Beau et Louis Hémon n'auront de cesse durant vingt-cinq ans de solliciter l'Etat pour obtenir des dépôts d'oeuvres d'art ou des subvention pour des achats. A chaque salon à Paris, ils font un choix parmi les nombreuses évocations de la Bretagne et se passionnent pour des oeuvres montrant l'histoire ou la tradition de la Cornouaille. Ils réussissent à faire attribuer en dépôt à Quimper diverses peintures déjà exposées dans les musées parisiens ou accrochées dans des palais nationaux : la Noce bretonne de Leleux, le Combat des Trente de Penguilly l'Haridon ou la Tempête sur les côtes de Belle-Ile de Gudin. Grâce à ses relations, Louis Hémon fait venir à Quimper des oeuvres déjà déposées dans d'autres provinces : La Peste d'Elliant de Duveau déposée au château de Blois.
Longa, portrait de Jean-Marie de Silguy
Longa,
portrait de Jean-Marie de Silguy






Leleux, une noce bretonne
Leleux, une noce bretonne

D'autres peintures arrivent de Perpignan, de Besançon ou de Chateaudun. Les deux complices réussissent à obtenir des dons de leurs amis peintres dont certains comme Yan' Dargent, Camille Bernier, Jules Breton, Fernand Cormon, Alfred Guillou ou Théophile Deyrolle ont le titre, essentiellement honorifique, de membre de la commission du musée. Sous le regard inquiet de la municipalité, ils se lancent dans de grands projets comme la commande d'une évocation de la Bretagne, confiée au célèbre Jules Breton ou la réalisation du décor du hall du musée, quatre compositions des paysages de Quimper à Pont-Aven suivant les quatre saisons dues aux pinceaux de Deyrolle, Joubert et Le Camus. 
Guillou, L'Arrivée du pardon de...
Guillou,
L'Arrivée du pardon de...
A partir de 1860-1870, Pont-Aven attire souvent les peintres qui y trouvent de nombreuses sources d'inspiration. Malheureusement, jusqu'en 1949, les responsables du musée, partisans d'un art académique, ont ignoré les oeuvres de ces peintres et Gauguin est absent des collections quimpéroises. Depuis le musée a acquis un ensemble intéressant d'oeuvres de peintres plus ou moins influencés par Gauguin et la leçon de Pont-Aven. Ces oeuvres d'Emile Bernard, Paul Sérusier, Maxime Maufra, Henri Moret, Meyer de Haan permettent d'apprécier le boulversement considérable que suscitèrent ces recherches en Bretagne.

Mais au-delà de Pont-Aven, d'autres sites accueillent les artistes. Les oeuvres d'Alexandre Harrisson, Charles Cottet, Lucien Simon, mais aussi Delaunay, Derain, Camoin, Lemordant ou Méheut viennent enrichir les collections du musée.
Aujourd'hui, le musée s'est donné pour tâche de développer, autant que faire se peut, ce lien étonnant entre les peintres et la Bretagne en s'efforçant de rassembler quelques témoignages d'artistes bretons ou non bretons qui ont comme dénominateur comme un un lien avec la Bretagne. Grâce à des dons d'artistes et à des dépôts du Musée National d'Art Moderne, du Fonds National d'Art Contemporain ont été rassemblées quelques oeuvres de Jean Bazaine, Charles La picque, Pierre Tal-Coat. Cottet, L'Enfant mort
Cottet,
L'Enfant mort